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En las épocas de abundantes lluvias, encontramos más disponibilidad de alimento y facilidad para excavar las galerías al estar el subsuelo más blando, esto origina la proliferación de los topillos, llegando a detectarse un aumento en la población de hasta 1500 más por hectárea. Los topillos excavan con mayor facilidad en tierras húmedas, pero no encharcadas, ni pisoteadas.

Existen enemigos naturales para la  eliminación de los topillos, particularmente la comadreja, el zorro, el tejón, algunas culebras y las aves rapaces nocturnas, que accediendo al interior de la madriguera o bien esperando al acecho, siguen el orden natural para que los topillos no se conviertan en una invasión. También la llegada del frío y heladas en el invierno ayuda a la exterminación

Dentro de todos los métodos de exterminar o ahuyentar una plaga de topillos, los que tienen más impacto ambiental son los venenos debido que los topillos son alimento de muchas especies carnívoras de pequeño y mediano tamaño, así como las lechuzas y otras rapaces nocturnas. Dada las consecuencias para el medio, hay que pensarlo antes de utilizar productos tóxicos, ya que podría alterarlo de forma muy virulenta.

Otro método son los ahuyentadores de ultrasonido consiguen alejar a un alto porcentaje de topillos, pero permanecen los que se nacieron y criaron en esa zona, que son los más abundantes. Hay que indicar que este método hace divagar la población por el entorno de los alrededores sin llegar a exterminarlo. 

Otra forma de ahuyentar los topillos para pequeñas fincas y siempre que la plaga no esta muy extendida, es la utilización de plantas repelentes, tales como estramonio, belladona, ricino y ruda, entre otras. Son unas plantas tóxicas por la atropina que contiene en la raíz. Pero este método es insuficiente cuando la concentración de topillos es elevada. El estramonio es una planta repelente para topos y ratones.

Existen trampas metálicas para capturarles en vivo y luego llevarles a zonas naturales cerca de ríos donde no causen tanto daño. Otra forma para el trampeo de los topillos es colocar pequeños recipientes con agua de plástico cerca de madrigueras o zona de paso, debido a que los topillos no saben saltar ni trepar, cuando caen en el recipiente se quedan ahogados. De todas maneras este método es para superficies pequeñas y controladas como jardines, parques, etc. Las trampas se han de colocar cerca de las zonas por donde acostumbran a pasar los topos.

También se pueden utilizar trampas instantáneas con cebos que ayudan al exterminio de los roedores. Las trampas para topillos con cebo permanente están realizadas con cebos anticoagulantes, que son los menos nocivos para los hombres, pero hay que tomar medidas importantes para su utilización, seguir las normas de etiquetado, no actuar por cuenta propia y someterse al control periódico de las autoridades.

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